南天宮目前樓高六層，每層供奉神祇有：至聖先師、精忠岳武穆王、財神爺、福德正神、月下老人、文昌帝君、聖母娘娘、註生娘娘...
1721年（康熙六十年），台灣發生朱一貴事件，總兵藍廷珍奉命平亂，於是，藍廷珍親赴湄洲朝天閣，恭請聖母正身，隨船保護來台...
